政府采购是政府为了完成公共事务而向社会采购货物、工程或服务的活动。在政府采购过程中，为了保障交易双方的权益，通常会设立履约保证金制度。履约保证金是指供应商在中标后，按照一定比例缴纳给政府的一笔资金，以确保其能够按合同要求履行义务。然而，政府采购中的履约保证金是否可以扣除，一直是业界关注的焦点。

首先，政府采购中扣除履约保证金的规定要根据具体的采购合同来确定。一般情况下，政府采购项目的招标文件中都会明确规定履约保证金的缴纳方式、金额以及使用方式。在履行合同过程中，如果供应商未能按照合同要求履行义务，政府有权利扣除相应的履约保证金作为违约金。

其次，履约保证金的扣除需要符合法律法规的规定。《中华人民共和国政府采购法》中对于政府采购活动中的保证金有明确的规定，履约保证金的扣除必须在法律框架下进行，不能违反相关法律法规。此外，政府采购活动中的履约保证金扣除也需要符合合同约定及相关规定，不能随意扣除。

最后，政府采购中履约保证金的扣除应当合理适度，不能滥用权力。政府在扣除履约保证金时，应当依据具体情况进行判断，不能随意扣除或者过度扣除履约保证金，以免损害供应商的合法权益。同时，政府采购机构在扣除履约保证金时，应当公开透明，保障供应商的知情权和申诉权。

综上所述，政府采购中履约保证金的扣除是合法合规的行为，但需要遵循相关法律法规和合同约定，合理适度地进行。政府采购机构应当加强对履约保证金扣除的监管，保障交易双方的合法权益，促进政府采购活动的规范发展。