工程电子保函是指在工程合同中，承包商通过保险公司提供担保服务，以保证工程质量和履约能力。与传统的纸质保函相比，工程电子保函具有很多优点，但同时也存在一些缺点。

首先，工程电子保函需要依赖互联网技术。虽然现在互联网普及率较高，但是在某些偏远地区或者网络不稳定的情况下，使用工程电子保函可能存在困难。此外，网络安全问题也是使用工程电子保函时需要考虑的一个重要因素。如果不加强对系统和数据的保护，黑客可能会入侵系统获取保函信息，导致严重的法律风险。

其次，工程电子保函在国际间的认可度还不够高。由于每个国家的法律制度和监管环境都不同，各国之间对于工程电子保函的认可程度也存在差异。这给国际工程承包商和投资方带来了一定的困扰，因为他们需要根据不同国家的规定选择使用纸质保函还是电子保函。

此外，工程电子保函的可靠性和真实性也是一个问题。虽然在使用过程中可以通过数字签名等方式来保证文件的真实性和完整性，但仍然存在信息篡改、虚假保函等情况。尤其是一些不法分子可能会通过伪造保险公司的身份或者获得公司工作人员的账号密码进行欺诈行为，给工程项目带来重大风险。

此外，对于一些复杂的工程项目而言，电子保函的内容受到限制。纸质保函可以提供更多具体的条款和保障措施，而电子保函由于格式限制可能无法详尽地表达清楚。这就需要合同订立方对于工程电子保函的模板进行修改和完善，以确保各方的权益能够得到有效保障。

综上所述，工程电子保函在提高效率和方便性方面具有明显优势，但也存在一些缺点需要关注和解决。只有充分认识到这些问题，并采取相应的措施加以解决，才能更好地推动工程电子保函在实践中的应用。