担保机构与银行保函是两种不同的担保方式。在商业交易中，有时候一方需要提供一种担保手段来确保另一方履行合同义务或偿还债务。这时就会选择担保机构或银行保函。

首先，担保机构是指专门从事担保业务的金融机构，如信用担保公司、保险公司等。其核心业务是对借款人进行信用评估，并为其提供非付款担保。担保机构以自己的信誉和资金为依托，为借款人提供担保，使借款人能够获得更多的贷款额度。

相比之下，银行保函是由银行出具的一种承诺书，作为付款和履约的保证。银行保函既可以用于国内业务，也可以用于国际贸易。一般情况下，与保证人（申请人）约定一定金额的保证金额，并材料完备地向银行申请发函。函中包含保证人、受益人和银行三者之间的关系，确保在合同履约过程中，受益人能够得到相应的支付或赔偿。

其次，担保机构与银行保函在申请、批准和实施过程中也有一些不同之处。担保机构一般会要求借款人提供一定的抵押品或担保物，并进行严格的审核和评估，以确保担保的有效性。而银行保函则更注重于受益人的资信状况和业务交易的真实性，通常需要提供一定的证明文件和合同证据。

最后，担保机构在担保期间内对借款人进行监管和风险控制，以减少不良债权的风险。而银行保函一般是临时性的，只在一定时间内有效，到期后就自动失效。

综上所述，担保机构和银行保函虽然都是担保手段，但在适用范围、担保方式、申请流程和期限等方面存在一定的差异。当选择担保方式时，可以根据具体情况综合考虑各种因素，选择最合适的方式保障自身的利益。