银行预付款保函是指在一方（自然人、法人或其他组织）因其为满足合同约定而需要提供或支付数额较大的预付款时，为了确保对方履行合同义务，而由另一方（一般指银行）出具的保函。

办理银行预付款保函主要需要通过以下机构：

1. 商业银行：商业银行是传统金融机构中开展预付款保函服务的常见机构之一。它们通常以经营贷款业务为主，拥有充足的资金实力，并且能够提供多种类型的保函形式，以满足不同客户的需求。

2. 开证行：银行开证行也可以办理预付款保函。开证行是指根据申请人的委托，在国际贸易中为收款人开立信用证的银行。如果买卖双方已通过信用证方式进行交易并且需要预付款，则开证行可能会提供相应的保函服务。

3. 保理公司：保理公司是专门提供保理服务的金融机构，他们通常与商业银行或开证行合作，为客户提供各类保函服务。与传统金融机构相比，保理公司在预付款保函办理方面可能更加便捷和灵活。

4. 担保协会：担保协会是由多家企业共同组建的行业协会，旨在提供各种形式的担保服务，其中包括预付款保函。一些大型企业集团或跨国公司可能会成立自己的担保协会，以便更好地管理和控制预付款风险。

总之，在办理银行预付款保函时，可以选择商业银行、开证行、保理公司或担保协会等不同的机构。每个机构都有其优缺点，需要根据具体情况进行选择。