工程保函是在工程合同中常见的一种担保方式，用于保证项目完成过程中的各项质量、进度、付款等责任。然而，在实际操作中，工程保函费用应由谁承担成为了很多人关心的问题。

首先，根据我国《担保法》第二十八条的规定，担保费用包括担保人对于承担担保责任所支付的费用以及担保人协助债务人处理债权不低于其付出的侵害程度所需的费用。从法律角度来看，工程保函费用应由担保人承担。

然而，在实际操作中，工程保函费用的支付责任可以通过工程合同来约定。一般情况下，由于承包商受益于工程保函，工程保函费用会被纳入合同价款之中，由业主承担。这样做的目的是为了确保施工方的履约能力，提高工程的顺利进行。

此外，还有一些特殊情况需要注意。例如，如果工程合同中约定由施工方提供保函，则工程保函费用通常由施工方承担。这是因为施工方需要提供担保以确保能够按时完工，并保证质量和安全。在这种情况下，由施工方承担工程保函费用是合理的。

需要特别指出的是，无论工程保函费用由谁承担，在合同中应明确标明该责任方。双方应根据实际情况协商确定。合同约定对于双方当事人来说具有法律约束力，能够避免后期争议的产生。

综上所述，工程保函费用的承担责任应根据工程合同来约定。一般情况下，由业主承担工程保函费用，但在特殊情况下，也可能由施工方承担。无论如何，合同约定是关键，需要明确双方的权利义务，以确保工程的顺利进行。