工程履约保函是一种在工程合同中常见的担保方式，旨在保障项目的顺利进行和完成。根据合同约定，如果承包方未能按照合同要求履行义务，甲方可以提出索赔，并通过保函来获取赔偿。

然而，有时候甲方可能会面临一个问题：工程履约保函可以扣吗？换句话说，可以直接从保函中扣除款项吗？

答案是：一般情况下，工程履约保函是不能扣除款项的。保函作为一种担保工具，主要是用来弥补合同履约方无法履行义务而导致的损失，保证甲方能够顺利收到赔偿金额。因此，甲方无权将保函视为债权成立后的工程款项，也无权直接从保函中扣除相应的款项。

当然，在某些特殊情况下，工程履约保函可能会被视为一种担保款项，在保函中规定了明确的扣除情况。例如，保函中明确规定承包方违约时，甲方有权直接从保函中扣除相应的违约金或罚款。

此外，还需要注意的是，保函作为一种保证担保工具，在使用过程中也需要遵循合同法和信用原则。甲方不应滥用工程履约保函，不能仅凭借主观判断而擅自扣除保函款项。如果甲方无故扣除保函款项，可能会对甲方和保函开具银行造成信用损害，且可能构成违约行为，甚至可能承担违约责任。

因此，对于工程履约保函，甲方应当客观合理地进行评估和使用。在正常情况下，甲方无权直接从保函中扣除款项，而应根据合同约定和相关法律进行索赔和追偿。如确有特殊情况需要扣除保函款项，必须明确约定，并符合相关法律法规和合同条款。