银行保函是指银行为了保证债务人按时、按约履行合同义务，向受益人提供的一种无条件的担保凭据。虽然银行保函在许多商业交易中发挥了重要作用，但是也存在一些缺点。

首先，银行保函需要支付一定的费用。借款人或者受益人需要向银行支付保函费用作为银行提供保函服务的报酬。这使得借款人或者受益人需要承担额外的费用，在综合利益考虑下可能采取其他更为经济高效的担保方式。

其次，银行保函操作繁琐。办理银行保函需要借款人或者受益人与银行进行多次沟通和交流，填写各种表格、文件等，提交一系列必要证明材料。这导致了办理时间较长，增加了交易的不确定性。特别是对于紧急且时间敏感的情况，不适合使用银行保函。

另外，银行保函一旦开立，难以撤销。一旦银行对受益人开出保函，就无法撤销。即使借款人或者受益人后来决定不需要保函或者采取其他担保方式，也不能随意撤销银行保函。这给借款人或者受益人带来了一定的约束和束缚。

此外，银行保函可能存在法律风险。由于银行保函具有法律效力，一旦债务人未按照合同履行义务，受益人可以通过法律途径追究银行保函的责任。这对银行来说是一项潜在的风险和压力。

总之，尽管银行保函在商业交易中有一定的用途，但也存在一些缺点，如费用较高、操作繁琐、难以撤销和法律风险等。在实际应用中，我们需要全面权衡利弊，结合具体情况选择最合适的担保方式，以确保交易的顺利进行。