银行保函与保证金是两种常见的金融工具，用于在商业活动中提供担保。虽然它们都起到保障交易安全的作用，但在具体的使用和性质方面有所不同。

首先，银行保函是一种由银行发布的担保文件，以确保付款人履行其义务。银行保函可以分为两种类型：投标保函和履约保函。投标保函用于投标企业，在投标过程中向被招标单位提供担保，确保投标企业能够按照合同要求完成工程。而履约保函是指在合同签订后，根据合同的约定向受益人提供履约担保。银行保函主要通过信用来确保支付义务，并且通常要求申请人提供相应金额的保证金作为担保。

与之相比，保证金是一种商业交易中买卖双方之间的金钱保证。保证金是指买方在进行购买时向卖方支付的一笔款项，以显示其诚意，并承诺在交易完成后履行合同义务。保证金通常是根据交易金额的一定比例支付，并在交易完成后退还给买方。保证金的主要目的是为了减少买方不履行合同义务的风险，提高交易的安全性。

此外，在操作和使用上，银行保函与保证金也有所区别。银行保函通常需要申请人提供相关企业资质、财务状况等材料，并经过银行审核后发布。而保证金是由买卖双方自行约定并支付的，通常没有太多的手续和审核程序。

总的来说，银行保函和保证金虽然都是商业交易中提供担保的金融工具，但在性质、使用方式和操作上存在一些差异。银行保函主要通过信用来提供担保，多用于投标和履约环节；而保证金则是买卖双方之间的金钱保证，用于减少买方不履行合同义务的风险。

值得注意的是，具体使用哪种方式会根据不同的商业活动和交易需求而有所差异。在选择时，应根据实际情况进行权衡和决策，以确保交易的安全和顺利进行。