在商业交易中，为了确保合同的履行并保护交易双方的权益，银行履约保函起到了重要的作用。然而，有时候银行在承诺支付保函金额时会扣除一部分费用，这给企业带来了一些困扰。

首先，需要明确的是，银行扣除一部分履约保函费用是合法的。根据相关的法律法规，在提供履约保函服务时，银行可以根据风险评估和实际情况收取一定的费用。这些费用包括经办费、手续费等。因此，银行扣除一部分履约保函费用并不违法。

其次，企业在选择银行履约保函时应该注意费用问题。不同银行对于履约保函费用的收取标准可能存在差异，企业在选择银行时应该充分了解并比较不同银行的收费情况。同时，也需要考虑银行的信誉度和服务质量。毕竟，一家好的银行在风险管理和履约保函的执行上会更加专业和可靠。

此外，企业在签署履约保函合同时应该与银行充分沟通，并明确约定费用问题。双方可以在合同条款中明确规定履约保函的费用以及扣除的范围和标准，避免后续纠纷的发生。这样一来，当银行扣除一部分履约保函费用时，企业也能够有合法依据进行维权。

另外，如果企业对于银行扣除的履约保函费用存在异议，可以通过协商或者投诉的方式争取自己的权益。首先，企业可以与银行进行沟通，了解扣除费用的具体原因和依据。如果仍然无法达成共识，可以向相关监管机构或者消费者协会投诉。这些机构会对投诉进行调查，保障企业的权益不受侵害。

总之，银行扣除一部分履约保函费用在商业交易中是常见的现象。作为企业，需要充分了解并考虑这一点，在选择银行和签署合同时注重费用问题。同时，企业也应该掌握自己的权益，与银行进行沟通并明确约定相关费用事宜，以维护自己的权益。