担保公司工程保函是指担保公司为承建单位提供的一种风险保障措施，以确保项目的顺利进行。在现代建设项目中，担保公司工程保函的使用越来越广泛。然而，有关担保公司收费的问题也引起了不少争议。

首先，我们需要明确一点，担保公司作为中介机构，为提供保函服务需要承担一定的成本和风险。因此，担保公司对工程保函的收费是合理的，也是合法的。这些费用主要用于覆盖担保公司的运营成本、风险管理费用以及利润等。

其次，担保公司工程保函的收费标准通常根据风险评估、项目金额以及其他相关因素来确定。一般而言，较高风险的项目所需要支付的费用也会相应增加。这是因为在高风险项目中，担保公司需要承担更大的责任和风险，因此其收费也会相应提高。

同时，根据市场竞争的原则，各家担保公司在收费上也可能存在一定的差异。这意味着，承建单位可以根据自身需求和预算选择合适的担保公司。这种市场化的竞争机制有利于促进服务质量的提高和费用的合理优化。

当然，虽然担保公司工程保函的收费是合法的，但是否合理还需要根据具体情况来判断。承建单位可以通过与多家担保公司进行沟通和比较，了解市场行情，并结合项目的具体要求来判断收费是否合理。如果发现某家担保公司的收费过高或不合理，承建单位可以选择其他合适的担保公司。

此外，在签订保函服务合同时，双方应明确约定相关费用，并在合同中明确约定费用支付方式、时间等事项，以避免后期出现纠纷和争议。

总之，担保公司工程保函的收费是合法的，也是合理的。合理的收费标准能够保证担保公司的正常运营和风险管理，同时也为承建单位提供了一种可靠的风险保障措施。承建单位应根据实际情况选择合适的担保公司，并与其明确约定相关的费用事宜。