电子保函和银行保函是在商业交易中经常用到的两种保证形式。尽管它们的目的都是为了确保一方能够按照合同履行其义务，但是它们之间存在着一些重要的区别。

首先，电子保函是指通过电子方式发出的保函。与传统的纸质保函相比，电子保函具有更高的效率和便捷性。借助于电子通讯技术，电子保函可以实现快速发送和接收，大大节省了时间和成本。而银行保函则是由银行机构开立和承兑的书面保函，需要物理传递或邮寄给受益人。这就意味着银行保函在传递过程中可能会耗费较长的时间，并且还需要支付额外的邮寄费用。

其次，电子保函在验证和有效性上存在一定的挑战。由于没有物理的文件可以参考，受益人很难确定电子保函的真实性和有效性。虽然电子保函可以使用数字签名等技术来增加验证的确信度，但仍然存在一定的风险。而银行保函则由银行作为可靠的第三方担保，信誉度较高，受益人更容易接受和相信其有效性。

第三，电子保函对于交易各方来说更加灵活。通过电子保函可以根据实际交易需求进行定制，例如可以设置不同的期限、金额和条件。同时，电子保函也容易进行修改和撤销，便于及时应对交易变化。而银行保函则有一定的固定格式和条款，需要经过一定的程序才能修改或撤销。

最后，电子保函的成本相对较低。由于节约了纸张、邮寄等标准保函所需的费用，电子保函可以提供更具竞争力的价格。而银行保函则需要支付一定的开立和承兑费用，使得总体费用相对较高。

综上所述，虽然电子保函和银行保函都是为了确保合同履行而采取的保证措施，但它们在方式、效率、验证、灵活性和成本等方面存在着显著的差异。在选择使用哪种保函时，应根据实际情况权衡利弊，并结合具体需求做出决策。