履约保函保证金比例是由商务合同双方协商决定的制度。商务合同中，履约保函通常是一种担保方式，它能够确保履约义务一方按照约定履行合同，并在违约时承担相应责任。为了确保履约保函的有效性和利益平衡，在确定履约保函保证金比例时需要明确一些原则和参考因素。

首先，履约保函保证金比例的确定需基于风险评估。保证金比例应该与风险程度相对应。风险较高、履约困难或成本较大的合同通常需要较高的保证金比例，以保证被担保人在违约时能够支付足额的赔偿。而风险较低、信用良好的合同可以适当降低保证金比例，在减少经营负担的同时确保履约义务得到充分履行。

其次，履约保函保证金比例的决定还需考虑市场潜规则和惯例。特定行业或领域有可能存在一些共识性指导原则，约定了相对标准的保证金比例。参照这些指导原则，可以更加准确地确定履约保函保证金比例，避免过高或过低造成的风险。

另外，法律法规对履约保函保证金比例也有一定规范和限制。例如，在某些国家或地区，监管机构可能规定最低或最高的保证金比例，以维护市场秩序和公平竞争。在签订合同时，应了解相关法律法规的规定，并将其考虑在内。

最后，商务合同双方的协商决定也是确定履约保函保证金比例的重要因素。双方可以根据实际情况、交易规模、信用评级等因素进行探讨和谈判，寻找达成共识的最佳比例。商务合同的签署是双方自愿达成的，保证金比例应能满足双方的需求和利益，避免不必要的纠纷和风险。

总之，履约保函保证金比例的确定由商务合同双方共同决定。考虑风险评估、市场潜规则、法律法规以及双方协商等因素，确定合理的比例是保证有效担保和履行合同的关键。