工程履约保函是建筑工程合同中的重要保证，其有效期对于双方当事人的权益都具有重要意义。在处理工程履约保函有效期问题时，需要参考相关法律法规以及合同约定，并根据实际情况进行合理安排。

首先，关于工程履约保函的有效期，可以从两个角度来考虑：一是合同约定的有效期，二是法律规定的有效期。

根据《中华人民共和国担保法》第三十七条的规定，保证人对债务人的债务承担保证责任的有效期为一年。这意味着，在没有特别约定的情况下，一般的工程履约保函的有效期应为一年。

然而，在实际操作中，由于工程项目的不同性质、规模和复杂程度等因素的影响，工程履约保函的有效期可能会有所变化。一种常见的做法是根据工程项目的施工周期来确定保函的有效期。比如，一个大型基础设施建设项目的施工周期可能会超过一年，在这种情况下，保函的有效期可能会延长至项目完工之日。

除了合同约定和相关法律规定外，双方当事人还可以根据具体情况协商确定工程履约保函的有效期。比如，如果承包商在过去多次顺利履行合同义务并按时支付保证金，业主可以考虑延长工程履约保函的有效期，以增加对于承包商信誉的认可和支持。

另外，需要注意的是，工程履约保函的有效期并不等同于保函的终止期。一旦工程项目完工并经过验收合格后，保函的责任就会结束。因此，在处理工程履约保函有效期问题时，应同时考虑到工程项目的实际情况和验收程序。

总的来说，工程履约保函的有效期与工程项目的特点、合同约定、法律规定和双方当事人的协商等因素密切相关。双方当事人应当充分理解并遵守相应法律法规，合理安排工程履约保函的有效期，以保障各自的权益。