工程保函作为一种常见的商业保险形式，被广泛应用于各类工程项目中。它主要是确保承包方按合同约定完成工程，并承担由于工程未能按时交付或质量问题导致的赔偿责任。

在申请工程保函时，业主通常需要支付一定的费用。这个费用是根据工程总金额来计算的，通常表示为一个百分比。然而，关于工程保函费用应该是5%还是3%，在实际操作中存在不同的看法和处理方式。

有些人认为，工程保函费用应该是工程总金额的5%。他们认为，较高的费用可以更好地保障承包方履行合同义务，减少违约风险。另外，通过收取更高的费用，保险公司可以获得更多的资金，以便为承包方提供更好的保障。

然而，也有人持有不同的观点。他们认为，工程保函费用应该是工程总金额的3%。他们认为，较低的费用可以减轻业主的负担，并促进工程项目的顺利进行。此外，较低的费用也可以吸引更多的承包方申请工程保函，提高竞争力。

实际上，工程保函费用的确切数额并没有一个固定的标准。在不同的地区和情况下，费用可能存在差异。这取决于国家法律法规、市场需求以及保险公司政策等因素。

无论是5%还是3%，业主在选择保险公司和签署保函合同时，都应该充分了解费用的计算方式和收费标准。同时，也需要对保险条款和保障范围有清晰的认识，以确保自己的合法权益得到保护。

总而言之，工程保函费用是一个与具体情况和政策相关的问题。在选择和申请工程保函时，业主应该与保险公司进行详细沟通，并根据实际情况做出决策。