工程预付款保函是在工程合同签订后，为了保障施工单位能及时拿到预付款而设立的一种担保方式。以下是工程预付款保函办理流程。

第一步，施工单位向招标人提交申请材料。申请材料包括：预付款保函申请书、法定代表人身份证明文件、施工单位资质文件等。

第二步，招标人收到申请材料后会进行审核。主要审核内容包括：施工单位的资质是否符合要求、是否存在不良信用记录等。

第三步，若审核通过，招标人会通知施工单位进行保函费用缴纳。预付款保函一般需要缴纳一定比例的保函费用作为担保金。

第四步，施工单位按要求缴纳保函费用，并将缴费凭证提交给招标人确认。

第五步，招标人确认缴费凭证后，将发起保函申请。招标人根据需要填写相应的保函条款，并将申请资料提交给保函开具机构。

第六步，保函开具机构收到申请资料后，会对施工单位进行信用评估，评估结果直接影响保函的开具与金额。

第七步，保函开具机构根据信用评估结果决定是否开具预付款保函。若开具，会将保函邮寄或传送给招标人。

第八步，招标人收到保函后进行验收。确认保函内容无误后，将预付款按照合同约定支付给施工单位。

以上就是工程预付款保函办理的基本流程。在操作过程中，需要注意提交申请材料的准确性和及时缴纳保函费用，以确保流程顺利进行。