履约保函和质量保证金是建设工程合同中常见的两种担保方式，用于确保合同各方履行合同义务并保障工程质量。虽然它们在形式上有所区别，但都起到了维护合同利益和保证工程质量的重要作用。

履约保函，又称为履约保证金或履约保证书，是承包商为了向业主保证按时完成合同义务而提供的一种形式担保。承包商通常会向银行申请开立履约保函，这样在履行合同过程中，如果承包商无法按时完成合同义务，业主可以通过保函向银行提取相应金额作为赔偿。

履约保函的使用对于保护业主权益具有重要意义。首先，它可以有效降低合同违约的风险。因为履约保函作为行为担保，承保人必须承诺在合同期限内按照合同要求履行义务，否则将面临一定的经济损失。这种经济压力能够促使承包商尽最大努力按时完成合同工作，避免违约问题的发生。

其次，履约保函可以提供资金方面的保障。在工程施工过程中，承包商通常需要大量的资金用于材料采购、人员管理等费用支出。如果业主支付一定的保证金作为履约保函，这对承包商将会起到资金周转方面的帮助。同时，保函金额通常会根据合同工程的规模和价值进行确定，确保足够多的金额来应对可能发生的风险。

然而，履约保函也存在一些问题。首先，对于承包商来说，开立履约保函需要具备一定的信用额度以及相应的担保费用。这对于一些小型企业可能会造成财务上的压力。其次，即使承包商按时完成了合同工作，他们仍然需要等待一段时间才能从银行处收回保函金额。这样就会造成一定的流动资金困难，尤其是对于一些资金链较为紧张的企业。

与履约保函不同，质量保证金主要是为了确保工程质量的稳定可靠。在合同签署之前，业主要求承包商预先支付一定比例的合同总价值作为质量保证金。在工程质保期内，如果发现工程存在质量问题，业主可以将质量保证金中的部分或全部金额用于修复和赔偿。

质量保证金的使用对于保障工程质量具有重要意义。首先，它增加了承包商在施工过程中的责任感。因为承包商需要支付一定金额作为质量保证金，他们会更加注重施工细节、材料选择等方面，以避免因工程质量问题而损失保证金。

其次，质量保证金可以为业主提供更多的保障手段。在工程质保期内，如果发现工程存在质量问题，业主可以通过扣减质量保证金的方式来进行相应修复和赔偿。这样有效地保护了业主的权益，强化了项目的监督和管理，减少了工程质量问题的发生。

然而，质量保证金也存在一些问题。首先，由于质量保证金通常是在工程开始之前预付的，承包商可能会因此面临资金端口的困境。其次，业主在使用质量保证金时需要经过一定的程序，包括鉴定工程质量问题和文件审批等事项。这可能会导致一些繁琐的流程和时长。

综上所述，履约保函和质量保证金作为建设工程合同中常见的担保方式，在确保合同履行和工程质量方面起到了非常重要的作用。虽然它们各自存在一定的问题，但其利益和作用值得我们认真对待和权衡。