投标保函是在投标过程中常用的一种担保方式，它作为投标人提供给招标人的一种财务安全措施。然而，尽管投标保函在一定程度上可以保证招标人的利益，但它也存在一些缺点。

首先，投标保函存在较高的成本问题。投标保函通常需要商业银行或担保公司进行担保，这就需要投标人支付一定比例的费用。特别是对于小型企业而言，这些费用可能会成为负担，增加了企业的经营成本。

其次，投标保函在一定程度上限制了投标人的资金运作。一旦投标保函被招标人接受，在整个投标过程中，投标人的资金将会被冻结，无法进行其他投资或使用。对于经营规模较小的企业来说，这可能会导致资金周转问题，影响企业的正常运营。

另外，投标保函的时效性也存在一定问题。投标保函的有效期通常为一定的时间段，一旦超过有效期，投标保函将自动失效。在某些情况下，投标过程因各种原因而延长，导致原本有效的投标保函无法继续使用，增加了投标人的风险。

此外，投标保函的使用范围也有一定限制。投标保函通常只适用于某些特定类型的招投标项目，对于其他形式的合作或交易可能没有直接的应用。这就意味着企业在参与其他类型的项目时需要寻找其他担保方式，增加了操作的繁琐性。

综上所述，投标保函作为一种担保方式存在一些缺点，如较高的成本、资金运作限制、时效性问题和使用范围的限制等。企业在选择是否使用投标保函时，需要权衡其利弊，并考虑其他可行的担保方式，以确保自身利益的最大化。