预付款保函是商业合同中常见的一种担保形式之一。在某些交易中，买方可能要求卖方提供预付款保函作为支付保证。这种保函通常是由银行出具，以确保卖方能够履约并按照合同规定的方式供货。

那么，在办理预付款保函时，是否需要存入保证金呢？答案并不是绝对的。

首先，我们需要明确预付款保函的作用和需求。它的主要目的是保证买方在提前支付货款后能够获得所购货物，并确保卖方履行合同义务。因此，从买方角度来说，他们希望在签署合同时就能够获得保函，而不必等待长时间进行保证金的存付。

然而，由于预付款保函涉及到一定的风险，银行在出具保函时通常会要求相应的担保。这种担保可以通过存入保证金来实现，也可以通过其他担保方式来达成。一般来说，如果卖方信誉较好或者与银行有良好合作关系，可能就无需存入保证金。当然，这也需要根据具体情况来确定，因为每家银行可能会有不同的政策和要求。

此外，需要注意的是，即使存入保证金，也不代表买方可以随意支配这笔资金。通常情况下，保证金会被冻结在银行账户中，直到交易完成或者出现争议时才会解冻。这样可以确保保函的有效性，并且对双方都起到一定的保护作用。

总而言之，是否需要存入保证金取决于多个因素，包括交易规模、卖方信誉和与银行的关系等。在办理预付款保函时，买卖双方应当了解银行的具体要求，并根据自身实际情况来做出相应的决策。最重要的是要确保保函的可靠性，以实现交易的安全和顺利进行。