预付款和履约保函是两种常见的商业交易保障方式，它们在应用场景、作用及条件等方面存在一定的差别。

首先，预付款是指在进行商业交易之前，买方需支付一定比例的货款或预付款给卖方。这种方式通常适用于跨国贸易、大宗商品交易等情况下，可以确保卖方收到一部分货款，避免买方拖欠货款或违约行为。预付款的数额可以根据双方协商确定，并且通常需要在签署合同后的一段时间内支付。

相比之下，履约保函是一种由银行或保险公司发出，作为买卖双方之间的担保工具。买方可以向银行开立履约保函，并提供给卖方，证明买方在交易过程中能够按照合同要求履行义务。履约保函通常保证了买方的付款义务和交货义务，并在买方违约时提供补偿给卖方。履约保函的金额通常为交易金额的一部分，并与合同约定的期限相对应，保证了交易双方的利益。

预付款和履约保函的不同之处在于应用场景和保障方式的不同。预付款主要确保卖方将货物按照合同约定的时间交付给买方，并降低买方拖欠货款或违约的风险。而履约保函更侧重于保证买方能够履行合同义务，为卖方提供一种补偿机制。

总结起来，预付款和履约保函在商业交易中发挥着不同的作用。预付款可以确保卖方及时收到一部分货款，避免买方违约的情况；而履约保函则是一种由银行或保险公司提供的担保工具，保证了买卖双方按照合同要求履行义务，以避免风险和损失。