投标保函和保证金都是在投标过程中需要提供的担保方式。虽然它们都是为了确保投标人履行合同义务，但两者在实际使用中有一些不同。

首先，投标保函是由银行或保险公司出具的，作为投标人对招标单位承诺的一种书面保证。它表明投标人会按照招标文件规定的合同条款与招标单位签订合同，如果未能如约签订合同，投标人将承担违约责任。投标保函的好处是可以提高投标人的竞争力，给招标单位一种有力的安全感。同时，投标保函也可以减少投标失败后因返还保证金而造成的资金流动性不足问题。

其次，保证金是投标人在参与招标时需缴纳的一笔金额，目的是确保投标人严格遵守招标文件中的规定，如果投标人违反了相关规定，招标单位有权没收保证金。保证金的好处是可以起到一种自我约束的作用，迫使投标人遵守合同义务。此外，保证金也可以体现投标人的经济实力和诚信水平，对于招标单位来说，可以更好地筛选出有竞争力和可靠性的投标人。

投标保函和保证金在实际应用中常常共存。一方面，投标人通常需要提供一定比例的保证金作为投标的必备条件；另一方面，招标单位也会要求投标人提供投标保函来增加确保投标商履行合同义务的信任度。

综上所述，投标保函和保证金都是为了保障投标过程中各方利益而存在的担保方式。虽然它们各自具有不同的特点和应用场景，但在实际操作中常常需要并存。投标人在参与投标时，应根据具体情况选择使用投标保函、缴纳保证金或两者同时进行。