商业保函和银行保函是两种常见的担保方式，它们在用途和性质上有一些区别。

首先，商业保函是由保险公司或其他专业机构提供的一种担保形式。它主要用于保证企业之间的交易履约，也可用于担保项目的完成。商业保函通常由双方协商确定，并且需支付一定的费用。保险公司会根据申请方的信誉、还款能力等因素来决定是否提供商业保函。商业保函在国际贸易中广泛应用，特别是对那些涉及大额货款或无法直接建立信任关系的供应商和买家来说，商业保函可以提供双方更多的安全感。

与之相比，银行保函是由银行作为第三方提供的一种财务担保工具。银行保函是由买方申请向卖方发出，表示买方在一定条件下会履行合同义务或支付款项。它所采取的形式包括付款保函、投标保函、履约保函等。与商业保函不同的是，银行保函的金额一般是由买卖双方商定并由银行承担风险。银行保函在国内外贸易中应用广泛，也是许多国际金融机构与企业之间信任关系的重要保障。

其次，两者在申请和费用上也存在不同。商业保函的申请相对较为简单，通常只需填写申请表并提供相关证明文件即可。而银行保函则需要更加严格的审核流程，通常需要申请人提供可接受的担保物，并进行详细的审查。此外，商业保函往往会收取一定比例的保险费用，而银行保函则根据具体情况收取费用。

最后，商业保函和银行保函在适用范围上也有所差异。商业保函主要用于国内外贸易交易，涉及到货款或履约义务等；而银行保函广泛应用于招标投标、项目履约、贸易融资等领域。

总之，商业保函和银行保函在用途、性质、申请和费用等方面存在一些区别。企业在选择时应根据自身需求、交易特点和风险考虑来确定最适合的担保方式。