工程保函费是指由施工单位向招标人提供的一种担保方式，以确保工程合同能够如期履行。因为涉及到大量资金，所以选择哪个科目的工程保函费非常重要。

工程保函费通常分为以下几个科目：

第一、保函审核费：保函审核费是指保函申请人向保函机构支付的费用，用于审核保函申请人的资质和信用情况等。这部分费用通常跟所需保函金额有关，越大的保函金额，审核费用一般也会相对较高。

第二、保函发行费：保函发行费是指保函机构向申请人发行保函所收取的费用，主要包括印刷、邮寄等相关费用。这部分费用通常按照保函金额的一定比例进行计算。

第三、保函手续费：保函手续费是指作为保证人的银行或保险公司向申请人收取的费用，用于提供工程保函的服务。这部分费用通常根据保函金额、保函期限以及保险费率等因素来确定。

此外，还有一些其他费用如保函印花税、服务费等，具体情况可以根据实际需要进行选择。

在选择工程保函费的科目时，需要考虑以下几个因素：

首先，需要综合评估申请人的信用状况和资质情况。如果申请人信用良好且具备较高的资质，可以适当选择费用较低的保函审核费和发行费科目。

其次，需要考虑保函金额的大小。保函金额越大，相关费用通常也会相应增加，所以在选择保函费科目时需要仔细核算各项费用。

最后，还需要考虑保函期限和保险费率等因素。不同的保函期限和保险费率会对保函手续费产生影响，申请人在选择费用科目时需要综合考虑这些因素。

综上所述，选择工程保函费的科目需要根据申请人的具体情况和需求来确定，综合考虑各个费用科目的因素，选择合适的科目可以降低成本并确保项目顺利进行。