工程保函保证金是指在工程项目合同中，承包商需向业主支付的一笔资金作为担保措施，以确保工程项目按照合同约定进行顺利实施。该保证金不同于正常的质量保证金和履约保证金，其主要目的是为了保障工程问题、安全风险以及违约责任等方面的事宜。

工程保涵保证金通常是在双方签署工程合同后，由承包商按照合同规定的比例（一般在合同价款的数倍）交付给业主或由双方共同约定的第三方机构保管，并在工程完成验收后按约定的条件进行退还。

工程保函保证金的支付是对工程项目进展和质量的一种监督手段。它既可以促使承包商更加努力地履行合同义务，也可以让业主有足够的信心将工程项目交给承包商，以保证工程的顺利进行。

工程保涵保证金的退还通常有以下情况：

1. 当工程项目按时完工并通过验收，没有发生质量问题和安全事故时，保证金会全额退还给承包商；
2. 当工程项目发生质量问题或安全事故，承包商需要承担相应的责任，并根据合同约定支付相应的违约金；
3. 当工程项目延期、未完成或其他违约行为时，业主有权利扣留一部分或全部的保证金作为赔偿。

需要注意的是，工程保涵保证金并非代表着承包商一定会违约或出现质量问题。而是作为一种预防措施，在工程项目过程中确保双方的权益得到保护。

总结而言，工程保函保证金在工程项目合同中起到了重要的作用。它不仅有助于确保工程项目的顺利进行，也有利于维护双方的权益。双方应按照合同规定，在工程项目的各个阶段妥善处理保证金的支付与退还问题，以达到保护双方利益的目的。