预付款保函办理公司通常涉及多个部门，在实际操作中，这些部门各司其职，共同完成预付款保函的办理流程。

首先，预付款保函办理公司通常设有业务部门。业务部门负责与客户进行沟通，了解客户需求，并根据客户要求提供相关的咨询和建议。该部门的工作人员具备丰富的行业经验和专业知识，能够为客户提供详尽、准确的解答，并帮助客户制定合理的保函申请方案。

其次，预付款保函办理公司还设有风险评估部门。该部门主要负责对客户的信用状况和资信等级进行评估。通过收集和分析客户的相关信息，评估其偿债能力和风险承受能力，从而确定是否发放预付款保函。风险评估部门的评估结果直接影响到保函的审批结果，对公司的风险控制起着重要的作用。

同时，预付款保函办理公司还设置了财务部门。财务部门负责审核客户的财务状况，确认其资金实力和偿还能力，确保发放的保函金额与客户实际需求相匹配。该部门还负责保函的费用核算和收支管理，确保公司的财务安全。

此外，预付款保函办理公司还有法务部门。法务部门主要负责对合同文件进行审核和起草工作，确保保函的合法性和有效性。该部门还会积极处理涉及到保函的法律事务，提供法律意见和风险防范建议，保障公司在交易中的权益。

最后，预付款保函办理公司还可能设有市场部门。市场部门负责公司产品推广和市场营销工作，在市场上树立公司品牌形象，并与客户建立良好的合作关系。市场部门的工作对于公司的业务拓展和发展至关重要。

综上所述，预付款保函办理公司通常包括业务部门、风险评估部门、财务部门、法务部门以及市场部门等多个部门。每个部门各司其职，密切协作，共同完成预付款保函的办理流程，为客户提供优质的服务。