工程履约担保保函是一种经济活动中常见的金融工具。它是建筑、工程项目等合同中一项重要的条款，用于确保承包商按照约定完成工作，并在必要时承担相应的责任。

在申请工程履约担保保函时，保函费用是一个不可忽视的问题。保函费用通常由发出保函的担保机构或银行收取，根据保函金额和期限计算得出。

保函费用通常包括手续费和保证金两个方面。手续费是发出保函的担保机构或银行为提供保函所承担的风险、成本和服务等费用。手续费的计算一般遵循以下几个因素：保函金额、保函期限、承担风险的大小、客户信用等级及市场竞争情况等。不同担保机构或银行的手续费率可能有所不同，而且手续费率也会因市场需求和供应、经济形势等因素而有所波动。

除了手续费，申请人还需要支付一笔保证金。保证金是申请人在办理保函手续时，按照一定比例缴纳的款项。保证金的目的是强化申请人完成工程的信用，一旦申请人未按约定履行合同义务，担保机构或银行可依据保障条款对保证金进行处置。

需要注意的是，保函费用并非一次性支付，而是按年计算的。在合同期限内，保函费用每年定期支付一次，直至合同履约结束。根据不同的合同期限以及工程的性质和规模，保函费用可能是一个较大的支出。

很多企业在申请工程履约担保保函时，除了关注保函费用之外，还应该对担保机构或银行的信誉度、专业程度进行评估。选择一个信誉好、服务好、费用透明的担保机构或银行能够确保企业获得更好的保障和服务。

综上所述，工程履约担保保函的费用是企业在申请保函时需要考虑的重要因素。根据保函金额和期限等因素，保函费用由手续费和保证金组成。事先了解并选择信誉好的担保机构或银行，对企业来说至关重要。