预付款保函是一种常见的商业担保工具，它在商业交易中扮演着重要的角色。通常情况下，买卖双方会约定，在交易成立前，购买方需要支付一定金额的预付款作为诚意金或履约保证。

然而，有时候事情并不顺利，发生了一些意想不到的状况。例如，购买方可能因为各种原因无法按照合同约定支付全部的预付款金额。这就引出了一个问题：当预付款保函扣了一半的时候，双方应该如何处理？

首先，我们需要明确一点：预付款保函是由银行或其他金融机构发放的一种保证书。它确保了购买方在交易成立前支付预付款的能力和意愿。当扣了一半的预付款后，购买方实际上只支付了一部分预付款。

在这种情况下，卖方通常会面临一个选择:是否接受现有的预付款，并继续履行交易。这取决于交易双方对于预付款的约定以及卖方对于交易风险的容忍度。有些卖方可能会坚持要求购买方支付全部预付款后再履行交易，而有些卖方则可能愿意接受部分预付款并继续交易。

然而，无论双方如何选择，都需要注意一点：在双方没能达成一致的情况下，最好寻求专业法律咨询，以确保自己权益的保证。一旦发生纠纷，双方可以通过仲裁或诉讼等方式解决争议。

对于购买方来说，扣了一半的预付款意味着他们仍需支付剩余的预付款金额。因此，购买方应该与卖方进行积极沟通，在与卖方的合作关系中找到一种双方都能接受的解决方案。

无论是卖方还是购买方，在交易过程中都应遵守契约精神，并保护自己的合法权益。如果双方无法就预付款扣除一半达成共识，那么解决争议的最好方法是通过法律手段解决。

总而言之，当预付款保函扣了一半时，双方需要理性分析，并积极探讨解决方案。无论选择的是继续交易还是寻求法律救济，都需要确保自己的权益得到充分保障。只有在持续沟通和合作的基础上，双方才能找到一个令双方满意的解决方案。