工程保函是指为了保证工程项目的顺利进行，履行相应的合同义务，由施工单位向甲方(发包方)提供的一种担保文件。福州担保公司作为专业从事担保业务的机构之一，提供工程保函的服务，并根据不同的项目具体情况收取相应的费用。

福州担保公司的收费标准一般是根据工程项目的规模和风险程度来进行评估的。一般来说，项目规模越大、风险越高，所需要的担保金额越大，对应的收费也会相应提高。另外，福州担保公司还会综合考虑项目的地理位置、施工周期等因素，综合评估风险，从而确定最终的收费标准。

在收费方面，福州担保公司通常会采用一定比例的费率进行计算。具体比例则根据不同的工程项目而定，一般在0.5%到1%之间。比如，对于一个工程担保金额为1000万元的项目，如果收费标准是0.8%，那么福州担保公司会收取80000元的费用。

此外，福州担保公司还可能会根据项目的实际情况进行一些特定的费用调整。比如，若项目风险较高，需要增加相应的担保措施时，可能会相应调高收费标准。而如果项目风险较低，需要提供的担保措施较少，那么收费标准可能会适当调低。

另外，福州担保公司的收费还可能包括一些其他的费用项目。比如，评估费用、手续费、保证金等。这些费用项目的具体收取与否以及收费金额也会根据实际情况而定。

总之，福州担保公司收费的标准是根据工程项目的规模、风险程度以及其他实际情况来确定的。合理收取一定的费用，能够保证担保公司的正常运营，提供更好的服务质量。同时，甲方在选择福州担保公司时也应该根据项目需求和预算情况来评估各家担保公司的收费标准，选择最合适的合作伙伴。