银行保函是一种用于保障债务人履行相关义务的担保方式。它是银行以自己的信誉为担保人，为债务人向债权人提供的一种担保凭证。银行保函的使用范围广泛，可以用于各种业务交易中，如工程项目、投标保证金、租赁合同等。

那么，银行保函能扣款吗？答案是肯定的。银行保函中包含了债务人的付款授权，即在债务人未按照合同要求履行义务的情况下，债权人可以向银行申请扣款。银行在收到债权人的请求后，会按照约定的金额将款项划拨给债权人。

银行保函扣款的具体程序如下：

1. 债权人发现债务人未按合同要求履行义务，向银行提出申请，要求扣款。

2. 银行收到债权人的申请后，核查相关文件和合同，确认债务人的违约情况。

3. 银行在确认债务人的违约情况后，会通知债务人，并要求其进行解释和补救。

4. 如果债务人不能提供合理的解释或拒绝补救，银行将按照约定的金额扣款，并将款项划拨给债权人。

需要注意的是，银行保函的扣款程序需要符合相关合同和法律的规定。债权人不能随意要求银行扣款，而是需要证明债务人的违约行为，并经银行的核实和确认后才能进行扣款。同时，债务人也有权提供解释和补救的机会，以维护自己的权益。

总的来说，银行保函作为一种担保凭证，在债务人违约的情况下，债权人是有权要求银行扣款的。银行会根据合同约定和法律规定，核实债务人的违约行为，并在程序合规的前提下进行扣款，并将款项划拨给债权人。这也是银行保函能够有效保护债权人利益的一种方式。