工程保证金是指在工程建设过程中，为保证施工单位履约的一种担保金额。通常情况下，施工单位需向工程业主或监理单位缴纳一定金额的保证金，作为承诺完成施工任务并保证工程质量的一种保障。

与工程保证金相似的是保函。保函是由银行或保险公司向收款人发出的，以保证付款人在约定的时间内履行合同义务的一种担保方式。保函的形式可以有很多种，比如担保函、履约保函等。

工程保证金与保函有着一定的区别。

首先，工程保证金是施工单位自行垫付的一笔金额，通常为合同总价的百分之几，由业主或监理单位作为一种担保方式。而保函则是由银行或保险公司提供担保，付款人需向银行或保险公司支付一定的保函费用。

其次，工程保证金主要是为了约束承建单位，保证其合同履约的信用。一般情况下，工程保证金可以根据合同约定的要求在工程完工后退还给施工单位。而保函作为一种银行或保险公司的担保方式，是付款人履行合同义务的一种担保形式。在约定的履行期限内，若付款人未按照合同要求履行义务，收款人可以向银行或保险公司申请付款。

再次，工程保证金是一种现金担保，其作用主要是保证施工单位履行合同义务和保证工程质量。而保函则是一种信用担保，其作用主要是保证付款人履行合同义务，向收款人提供信用保障。

最后，工程保证金的缴纳通常是根据工程合同约定的比例和金额进行缴纳。而保函的金额和期限是依据合同约定和风险评估等因素来确定的。

综上所述，工程保证金和保函虽然都是为了保证履约和提供担保的一种方式，但在形式、支付方式、作用和退还方式等方面都有所不同。工程保证金是施工单位自行垫付的一笔金额，作为履约的一种担保方式，且退还给施工单位；而保函是银行或保险公司提供的信用担保，付款人需要支付一定的保函费用，用于保证履约，并在约定期限内向收款人提供信用保障。