履约保函是一种经济合同保险形式，广泛应用于国内外贸易、建筑工程和金融领域。保函的核心功能是保证合同方能够履行合同中约定的义务，确保交易的安全有效进行。然而，当出现保函索赔的情况时，保证人如何进行扣除是一个关键问题。

履约保函的扣除方法可以分为两种情况进行讨论。第一种情况是合同方没有履行合同的义务，从而导致了索赔的发生。一般来说，保函的索赔金额为违约方未履行的义务的金额，保证人在支付索赔金额后可以根据合同约定进行相应额度的扣除。例如，合同中约定了违约方未履行合同义务的罚金，保证人可以将罚金金额进行扣除。如果合同未约定罚金金额，保证人可以根据损失的程度进行合理的扣除。

第二种情况是保函索赔是由于保证人的原因造成的，例如保函的不真实性或不准确性等。这种情况下，保证人需要承担全部的索赔责任，不能进行任何扣除。同时，保证人还需要对因索赔而产生的一切费用进行支付，例如律师费、诉讼费等。

履约保函的扣除方法还需要根据具体的保函约定进行操作。因此，在签订保函合同时，合同双方需要明确约定扣除方法，并对不同情况进行详细的规定。这样可以有效地避免扣除问题引起的争议和纠纷。

总之，履约保函的扣除方法是一个重要的问题，关系到合同方和保证人的利益。对于违约方未履行合同义务引起的索赔，保证人可以根据合同约定进行相应额度的扣除；对于保证人的原因造成的索赔，保证人需要承担全部责任，不能进行扣除。合同双方在签订履约保函合同时应明确约定扣除方法，以避免引发争议。