预付款保函是一种在采购合同中经常使用的担保方式，用于保障卖方能够按照合同约定提供预付款。该保函通常由买方向银行发起，作为保证支付给卖方在合同生效后的预付款。然而，有时候预付款保函金额大于实际预付款金额，这就引发了一个问题：预付款保函金额大于预付款怎么办？

首先，必须明确的是，预付款保函金额是由买卖双方根据合同约定确定的。通常情况下，买方需要向卖方提供一定比例的预付款，以保证合同的履行以及卖方的经济利益。预付款保函的金额应当等于或者小于实际预付款的金额，这样才能达到保障卖方权益的目的。

然而，在实际操作中，有时候因为各种原因，买方可能会错误地将预付款保函金额设置得大于实际预付款金额。这就造成了一定的困扰。

在这种情况下，首先应当及时与买方进行沟通，解释错误的原因以及后果。理论上，预付款保函的金额应当与实际预付款金额相符，否则就会导致对卖方利益的侵害。买方应当意识到这个问题，并愿意进行修正。

其次，卖方可以与买方商议修改预付款保函的金额。这可能需要重新申请保函，或者在原有保函的基础上进行修改。修正的金额应当与实际预付款金额相符，以确保卖方的权益得到了保护。双方应当签署修正协议，明确新的预付款保函金额，以确保在合同执行中能够有法律依据。

此外，如果买方拒绝修改预付款保函金额，卖方可以采取一些其他的方式来保护自己的权益。例如，可以要求买方提供其他的担保方式，以弥补预付款保函金额过高带来的风险。这可能包括增加其他担保函、提供保证金或者采取其他的解决方案。

最后，如果买方坚持不改动预付款保函的金额，并且无法就其他解决方案达成一致，卖方可能需要寻求法律援助。法律援助可以帮助卖方在法律框架下保护自己的合法权益，并追求买方的违约责任。

总的来说，预付款保函金额大于预付款的情况下，卖方应当及时与买方沟通，并共同商议解决方案。如果买方愿意合作，可以通过修正保函、提供其他担保方式等方法解决问题。如果买方不愿意合作，卖方可能需要寻求法律援助，以保护自己的合法权益。