建筑工程保函是建筑工程中一种重要的担保方式，促进了工程的顺利进行和风险的控制。建筑工程保函协议的签署是双方共同愿意承担保函责任的重要一环。

建筑工程保函协议应当明确双方的权利和义务。一般而言，建筑工程保函协议应包括以下内容：

首先，协议应明确工程的基本信息，包括工程名称、工程地点、工程规模等。这有助于保函公司对工程的了解，为保函提供合理的金额和期限。

其次，协议应明确保函的类型。建筑工程保函可以分为履约保函、投标保函和预付款保函等。协议应准确指明保函的具体类型，避免引起争议。

再次，协议应明确保函金额和期限。保函金额是指保函的最高赔偿金额，期限是指保函的有效期。合同双方应明确约定保函金额和期限，避免不必要的纠纷。

此外，协议还应明确保函索赔的条件和程序。建筑工程保函的索赔一般需要满足一定的条件，并按照一定的程序进行。协议应明确保函索赔的具体条件和程序，包括索赔通知的时间和方式。

最后，协议还应明确双方的违约责任和争议解决方式。协议应明确保函受益人和保函公司的违约责任，以及违约方应承担的违约责任。同时，协议应明确争议解决方式，如调解、仲裁或诉讼。

总之，建筑工程保函协议是保函责任的约定和保障工程顺利进行的重要文件。协议双方应认真履行约定，保证协议的有效性和权益的实现。