银行履约保函和保证金是商务交易中常见的担保方式，它们都可以用来保障合同履约的安全。然而，它们在性质、作用和使用方式上存在一些区别。

首先，银行履约保函是银行出具的一种担保函，它承诺在合同履约过程中，如果债务人不能履行合同义务，银行将按照保函的约定向受益人支付一定金额的赔偿。保证金则是由债务人提供给债权人的一定金额的抵押或保证，以确保债务人履行合同义务。可以说，银行履约保函是银行为债务人向债权人提供的经济担保，而保证金是债务人自己提供的经济担保。

其次，银行履约保函的支付是由银行直接保证，而保证金的支付责任则由债务人承担。当债务人无法履行合同义务时，受益人可以直接向银行要求支付保函金额；而在保证金的情况下，债权人则有权利要求债务人支付相应的保证金金额。

另外，银行履约保函可以提供更大的保障，因为银行的信用评级一般较高，具备较强的偿付能力；而保证金则受债务人个人或企业的信用状况影响较大，如果债务人信誉不佳或资金状况不稳定，保证金的价值很可能无法保全。此外，银行履约保函可以满足国外交易对方的需求，因为国际贸易往往要求提供银行履约保函作为担保。

然而，银行履约保函也存在一些限制。首先，它需要债务人缴纳一定的保函费用；其次，银行只承担保函金额的赔偿责任，不涉及其他损失的赔偿；再次，银行履约保函一般要求债务人提供一定金额的保证金作为担保，以确保无法履行合同义务时能及时支付赔偿金额。

最后，根据实际情况，选择银行履约保函还是保证金是根据合同双方的需求和协商达成的结果。银行履约保函可以提供更为可靠的保障，尤其适用于涉及较大金额或对信用评级有较高要求的合同；而保证金则更加灵活，适用于小额交易或双方信任度较高的合作伙伴。