保证金和履约保函是商业合同中常见的两个概念，虽然它们都涉及到一方承诺向另一方提供一定的担保，并为合同履行提供了一定的保障。然而，在具体的应用场景中，保证金和履约保函之间存在一些重要的区别。

首先，保证金是一种用于约束履约方的一定金额的款项，通常由双方协商约定在合同中。一方出具一定金额的保证金，作为合同的担保。保证金的支付一般在合同签订后立即进行，履约方需要按照约定的金额支付给承诺方。如果履约方违反了合同的约定，承诺方有权依据合同约定将保证金作为违约金进行处罚；如果履约方履行了合同的约定，承诺方应当无条件地将保证金返还给履约方。

相比之下，履约保函是一种由银行或保险公司等专业机构提供的，保证履约方履行合同义务的担保文件。履约保函通常由甲方向乙方的合作伙伴提供，以确保乙方能按照合同约定履行义务。履约保函的提供者会在合同履行期间承担一定的责任，如果乙方违约，甲方可以向提供履约保函的机构索赔。履约保函的优势在于，提供者通常有较高的信用等级，能够为甲方提供更大的保障，尤其在合同金额较大或者交易风险较高的情况下。

其次，保证金和履约保函在使用范围上也有所不同。保证金通常适用于一些小额的合同交易，例如个体工商户之间的合作，租赁合同等。而履约保函通常适用于一些较大规模的商业交易，例如建筑工程合同、国际贸易等。在这些大额合同中，履约保函的使用更为普遍，因为它能够提供更大的保障，增加合同的可靠性。

此外，保证金和履约保函的支付方式也存在差异。保证金通常以现金或银行汇票的形式进行支付，支付后履约方需要提供相应的支付凭证。而履约保函是银行或者保险公司向受益方发放的，由保险公司或银行对乙方的履约能力进行担保，并以此为保障向受益方提供一定的信用担保。

最后，保证金和履约保函在违约责任承担方面也存在差异。对于保证金，如果履约方违约会导致合同解除，承诺方有权利处置保证金或者要求违约方赔偿损失。而对于履约保函，如果乙方违约，甲方可以依据履约保函向保险公司或者银行进行索赔，保险公司或银行会根据事实进行调查，如果乙方的违约行为属实，保险公司或银行会向甲方进行赔付。

综上所述，保证金和履约保函作为商业合同中的一种担保方式具有一定的区别。保证金是由一方提供给另一方的担保金额，用于约束履约方履行合同义务；而履约保函是由银行或保险公司等专业机构提供的，保证履约方履行合同的担保。两者的使用范围、支付方式、违约责任承担方面也有所区别。在实际应用中，应根据具体的商业交易和合同情况选择合适的担保方式，以提供合约履行的保障。