履约保证金是一种在合同签订时由一方交付给另一方的一定金额的保证金。它的主要作用是确保合同双方能够履行合同约定的义务，一旦发生违约行为，受损害方就可以依据合同约定将履约保证金作为违约金进行扣除。

然而，履约保证金并不是一定会全额被扣除的。在实际操作中，双方对于如何处理履约保证金的情况通常会在合同中进行明确约定，这也取决于合同的具体条款约定。一般情况下，如果一方发生违约行为，受损害方可以依照合同约定的违约责任条款来进行索赔，并有权从履约保证金中扣除相应的违约金。违约金的数额根据具体的违约情况而定，有时可能并不等于履约保证金的全额。

此外，并不是所有违约行为都会导致履约保证金被扣除。有些违约行为可能只需要支付一部分违约金，而不会全额扣除履约保证金。例如，合同可能规定违约方需要支付另一方的损失和维权费用，并且保证金可以用来抵扣这些费用。另外，如果违约方在一定时间内补救了其违约行为，那么受损害方也可以考虑将履约保证金的扣除金额进行相应减少或者退还。

需要注意的是，履约保证金的退还也需要根据合同约定来进行。如果合同约定了退还履约保证金的情况，那么当合同完成并没有发生违约行为时，履约保证金应当按照约定退还给交付方。但是，在一些情况下，履约保证金可能不会被退还，例如，合同中规定一方违约不退还履约保证金的情况。

综上所述，履约保证金并不是一定会全额被扣除的。具体的扣除金额取决于合同中的约定，以及违约方的违约行为。在合同签订之前，双方应该明确约定履约保证金的相关事项，以避免后期发生纠纷。同时，双方在履行合同过程中应尽力避免违约行为的发生，以确保自身权益的保护。