履约保函和独立保函是国际贸易中常见的保函类型，它们在保函的性质、用途以及保函持有人的权益方面存在一些区别。

首先，履约保函是一种保证性文件，通常由卖方银行或保险公司出具，为买方提供担保，确保卖方根据合同条款履行责任。履约保函对卖方的履约能力进行了评估，并在需要时对买方进行补偿。它通常用于国际贸易中的承包商、供应商、业主等主体，用于保证合同的履行。

独立保函则是一种给予受益人（通常是卖方）权益的担保性文件。它是由买方银行或保险公司出具，向卖方提供担保，确保卖方在履行合同时能够获得支付。独立保函与合同之间没有直接联系，因此不受合同履约情况的影响，使卖方能够直接向买方提出索赔。它通常用于保证支付、投资、融资等交易中，提供给卖方作为保证金。

在保函持有人的权益方面，履约保函主要是为了保障买方的利益，确保卖方能够按照合同条款履行责任，否则买方可以向保函开证行索赔。独立保函则更多地关注卖方的利益，确保卖方在履行合同时能够获得支付，否则卖方可以向保函开证行索赔。

此外，履约保函和独立保函的申请、开证和索赔过程也存在一些差异。履约保函只需要提供相关合同、证件等资料，即可向保函开证行申请开立。而独立保函除了申请方需要提供相关资料之外，还需要买方提供担保金或额度，保证支付义务的履行。

综上所述，履约保函和独立保函在性质、用途和保函持有人的权益方面存在区别。了解这些区别，可以帮助参与国际贸易的各方更好地选择适合自己的保函类型，提高交易的安全性和可靠性。