工程保函是指在工程项目中，为了保证施工单位履行合同上的规定，保证工程质量和进度的正常进行，保证施工单位正常履行合同上的义务，业主或建设单位需要向保函担保公司申请的一种凭证。保函担保公司通常要求施工单位提供一定的保证金作为保函的担保。

那么，保证金应该由谁来交呢？根据一般的规定，保证金由施工单位来交付。因为保证金是作为保函的担保，用于保障建设单位的利益，所以施工单位需要提供一定的资金作为担保，以确保工程项目按照合同规定进行。

施工单位需要交付的保证金通常是按照合同总价的一定比例来确定的。一般来说，保证金的比例在合同总价的2%至5%之间，并不是固定的，具体要根据合同的约定和业主的要求来确定。保证金交付后，会根据保函履行的情况进行解除或退还。

在一些特殊情况下，保证金也可以由建设单位或业主来交付。比如，施工单位没有足够的资金来交付保证金，或者双方在合同中约定由建设单位或业主垫付保证金的情况下，保证金可以由建设单位或业主来交付。

需要注意的是，保证金是作为保函担保的一种形式，它并不是违约金或是赔偿金。保证金只有在合同履行不符合约定或有违约行为时，建设单位或业主才能要求保函担保公司进行赔偿。

此外，保证金的金额也是需要根据工程项目的规模和性质来确定的。一般来说，工程项目越大、风险越高，保函担保公司对于保证金的要求也会相应增加。保证金的金额一般会在施工单位和保函担保公司的协商下确定。

综上所述，工程保函的保证金一般由施工单位来交付。保证金的金额和比例根据合同约定和业主要求来确定，保证金交付后，会根据保函履行的情况进行解除或退还。