履约保证金是指在合同履行过程中，为保证合同方能按时、按质、按量履行合同约定，一方当事人按照约定或者合同事先约定的方式向另一方当事人提供的一定数额的保证金。履约保证金是现代商业交易中常见的一种保证方式，旨在保障交易的安全稳定进行。

担保公司保函是指担保公司作为第三方机构，在合同当事方之间发挥担保职能，通过出具保函形式的担保承诺，为合同当事方提供担保担责的一种担保方式。

履约保证金和担保公司保函在商业交易中起到了类似的作用，都是为了保证交易的履约，保障交易双方的权益。然而，二者在形式和效力上有所不同。

首先，在形式上，履约保证金是以一方当事人向另一方当事人提供的一定数额的金钱形式作为保证。一般来说，履约保证金通常在合同签订时一次性交纳，交纳后作为一方当事人的财产进入另一方当事人控制之下。而担保公司保函是由担保公司代为出具的一种书面担保承诺，它以文件形式存在，担保公司承诺在合同当事方发生违约行为时，按照合同约定进行担保赔偿。

其次，在效力上，履约保证金的效力主要取决于金额的大小。一般来说，履约保证金可以作为违约方赔偿责任的限额，如果一方当事人没有按约定履行合同义务，另一方当事人可以依据约定要求违约方支付履约保证金作为赔偿。而担保公司保函由于是第三方出具的担保承诺，其效力更有说服力，可以提供一定的法律效力和强制执行力，增强了合同的履约能力。

最后，需要注意的是，选择履约保证金还是担保公司保函，应根据具体情况进行判断。履约保证金适用于交易额较小、交易风险相对可控的场合，可以降低交易风险，增加交易的安全性。而担保公司保函适用于交易额较大、交易风险较高的场合，可以有效提高交易的可靠性和安全性。