工程保函是指施工单位在承接工程前，为保证工程质量和按时完工而向投标人提供的一种担保方式。工程保函手续费作为工程保函的一部分，是投标人需要支付给担保公司的费用。那么工程保函手续费是如何入账的呢？下面我们就来详细解析。

首先，工程保函手续费的入账方式一般有两种，一种是一次性支付，另一种是分期支付。

对于一次性支付方式，一般是在投标人与担保公司签订工程保函合同时，将手续费一次性支付给担保公司。这种方式在手续办理过程中较为简便，可以快速解决费用问题，但对于投标人来说可能会一次性支付较大金额。

而对于分期支付方式，一般是在工程建设过程中，按照合同约定的工程进度和费用支付计划，将手续费分期支付给担保公司。这种方式相对于一次性支付更为灵活，可以根据施工单位的实际情况进行适当调整，减轻了一次性支付的经济压力。

其次，工程保函手续费的具体入账流程一般如下：

1. 投标人与担保公司签订工程保函合同。

2. 根据合同约定，投标人支付手续费给担保公司。

3. 担保公司将手续费入账到公司的资金账户。

4. 担保公司会根据投标人的需求，在合同约定的时间内向投标人提供工程保函。

总的来说，工程保函手续费的入账是一个相对规范化的流程，担保公司一般会根据合同约定的时间要求和金额安排来收取手续费。而投标人则需要按照合同的约定，及时足额支付手续费，以保证施工过程中顺利办理相关手续，并确保工程建设的顺利进行。

最后，需要注意的是，不同的地区和不同的担保公司对于工程保函手续费的收费标准可能有所差异，投标人在选择担保公司时应该充分了解费用情况，并与担保公司进行充分沟通和协商，以明确双方的权益和责任。