工程差额保函是指在施工过程中，为了保障工程的正常进行，甲方常常向乙方要求提供一定比例的保函。工程差额保函的办理流程相对较为繁琐，需要按照一定的步骤进行。

首先，甲方与乙方需要就保函相关事宜进行协商，明确双方各自的权利和义务。双方可以通过书面形式或会议进行讨论，确保双方达成一致。

接下来，乙方需要向甲方递交申请，提出具体的保函金额和期限等要求。申请中需要包括工程的基本信息，如工程名称、工程地点、工程概况等。同时，乙方还需要提供相关的证明材料，如公司资质、项目经历等。这些材料可以证明乙方具备完成工程的能力。

甲方会对乙方的申请进行审查。审查的内容包括对乙方的资质和信用情况进行评估，以及对工程的合理性进行分析。如果乙方符合甲方的要求，甲方会出具一份保函办理意见，并通知乙方进行下一步的操作。

在获得甲方的保函办理意见后，乙方需要根据甲方的要求准备相应的文件。这些文件包括保证金的缴纳凭证、保函申请书、乙方的身份证明等。乙方需要保持这些文件的原件，并复印一份作为备份。

乙方将准备好的文件提交给甲方进行审核。甲方会仔细审查乙方提交的文件，如果发现问题或不足之处，会要求乙方进行补充或修改，直至满足甲方的要求。

在通过甲方的审核后，甲方会出具保函。保函是由银行等金融机构出具的，对乙方在工程实施过程中所进行的费用进行保证的证明文件。保函中会包括保函的金额、保函的期限以及双方的责任等内容。保函需要由甲方和乙方双方进行签字确认，并加盖公章。

最后，甲方会将保函交给乙方，并在一定的期限内生效。一旦乙方超出保函金额或延期使用，甲方有权利要求乙方赔偿相应的费用。

总之，工程差额保函的办理流程需要乙方向甲方递交申请，甲方进行审批和审核，乙方准备相应的文件并提交甲方，最后甲方出具保函并交给乙方。该流程需要双方的密切配合和合作，以确保工程的正常进行和双方的利益得到保障。