工程保函是指建筑工程施工合同中，承包方向业主提供的担保文件，保证在合同约定的期限内，按合同的约定和质量要求履行合同义务。然而，在工程保函行业中，也存在着一些问题和挑战，这些问题可能会影响到合同的履行和保障双方的权益。

首先，工程保函的真实性和可靠性是一个重要问题。由于一些不法分子的存在，可能会存在伪造或虚假的工程保函，这给合同的履行带来了风险。因此，业主在接受工程保函时，需要对其真实性进行严格的审查，以确保其有效性。

其次，工程保函的金额和期限也是需要考虑的问题。保函金额应该与合同金额相匹配，并且期限应该与合同约定的工期相一致。如果保函金额过低或期限太短，可能会无法满足合同的要求，导致合同无法有效执行。

另外，工程保函的索赔和执行问题也需要关注。一旦发生合同纠纷或违约行为，业主可能会提出索赔要求，此时保函的执行就显得至关重要。保函的执行应该及时有效，以保障业主的权益，同时也需要保证承包方的合法权益。

最后，工程保函的法律法规问题也是需要重视的。不同国家和地区对工程保函的规定和要求可能会有所不同，因此在跨国合作或国际工程项目中，需要了解并遵守当地的法律法规，以避免出现法律风险。

综上所述，工程保函行业存在着一些问题和挑战，但通过加强监管和规范管理，可以有效应对这些问题，保障合同的顺利执行和双方的合法权益。