预付款保函是一种商业交易中常见的担保方式，通常由银行或保险公司向受益人出具，以保证合同履行中的预付款项。对于预付款保函能否作为支付凭证的问题，涉及到法律、商业惯例以及具体合同约定等多方面因素。

首先，根据我国相关法律法规，预付款保函的法律地位主要由具体的合同约定所决定。在合同中如果明确规定预付款保函可以作为支付凭证，则具备了法律效力。因此，对于预付款保函是否能作为支付凭证，首要参考的是合同的约定。

其次，预付款保函在商业实践中的使用也受到行业惯例和商业习惯的影响。在某些行业或特定交易中，预付款保函可能被视为有效的支付凭证，而在其他情况下可能不被接受。因此，需要根据具体的行业背景和交易习惯来评估预付款保函是否能作为支付凭证。

此外，预付款保函作为支付凭证的接受程度还取决于受益人的要求以及支付方的支付能力和信用状况。有些受益人可能对预付款保函持有保留意见，更倾向于接受其他形式的支付凭证，如银行汇款或承兑汇票。而支付方的支付能力和信用状况也会影响受益人对预付款保函的接受程度。

综上所述，预付款保函能否作为支付凭证，需要根据具体的合同约定、行业惯例、商业习惯以及双方当事人的意愿和信用状况来综合考量。在实际应用中，建议支付双方在签订合同之前就明确预付款保函的作用和接受程度，以避免可能的纠纷和争议。