履约保函是一种保险合同，保函人向受益人承诺，在合同中规定的情况下，向受益人支付一定金额。通常情况下，履约保函的金额与合同金额相同，以确保受益人在合同违约时能够得到相应的赔偿。

然而，并非所有情况下履约保函都必须扣除全部金额。在一些特定情况下，可以根据合同约定或法律规定进行部分扣除或不扣除。

首先，履约保函的扣除金额应当根据合同约定确定。在合同中可以明确规定履约保函的金额以及在何种情况下可以扣除全部或部分金额。因此，双方在签订合同时应当仔细阅读并明确了解履约保函条款。

其次，根据法律规定，履约保函的扣除金额也可能会有所不同。在一些国家或地区的法律中，可能规定了履约保函的最高金额或者扣除金额的条件。因此，在确定履约保函扣除金额时，应当同时考虑合同约定和法律规定。

此外，履约保函的扣除金额还可能受到实际情况的影响。在某些情况下，受益人可能并未因合同违约而遭受实际损失，因此不需要扣除全部金额。另外，如果受益人已经通过其他方式得到了赔偿，也可以减少或不扣除履约保函的金额。

综上所述，履约保函不一定必须扣除全部金额，其扣除金额应当根据合同约定、法律规定和实际情况来确定。双方在签订合同时应当充分考虑各种因素，并在合同中明确规定履约保函的金额和扣除条件，以避免日后产生纠纷。